印第安纳曼彻斯特大学（前身为曼彻斯特学院）于1860年在美国印第安纳州罗阿诺克成立，当时为罗阿诺克古典神学院。1889年，最后一任罗阿诺克古典神学院的校长 David N. Howe 将学校迁至北曼彻斯特，改为曼彻斯特学院。1932年，曼彻斯特学院与伊利诺伊州的莫里斯山学院合并。1948年，美国第一个本科和平研究专业在该校成立。1990年，曼彻斯特学院历史区被列入美国国家史迹名录。2012年，为反映日益增加的研究生课程，将学校更名为曼彻斯特大学（为区分于英国的曼彻斯特大学，一般称为印第安纳曼彻斯特大学）。曼彻斯特大学也是第一所提供药物基因组学硕士学位课程的大学。
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