南非大学历史上依靠三大主要资金来源：国家资助；学生所交学费；以及其他各种集资方法。 2002年比托大学各种资金来源的比例统计如下: 学费 政府资助 私人捐助和合约 投资收入 销售和服务 住宿费 其他收入 21.3% 42.3% 21% 6.4% 4% 4.7% 0.3% 政府对大学的资助事实上已大幅减少，比托大学在尽力保持学费和其他相关费用的调整低于全国通货膨胀率。这就意味着其他来源的收入补充要比往年更多，尤其是个人和团体的捐献。2002年，南非超过300家企业捐助了2000万兰特，领有60万兰特来自于遗赠和个人。国外捐赠贡献了6千6百万兰特。这些包括美国，欧洲和日本以及联合国的基金会和政府机构。虽然这些捐款都很大方，并且反映了对比托大学教学和科研的完整性的信心，但是他们的持续性是没有保证的，而大部分的预算开支代表了一种承诺，需要在几年之内有一种持续性。 谨慎的财务管理是很重要的。虽然国家资助是主要收入，但用来计算资助额的公式很复杂，并时时变动。 结构变化也有影响。例如，大学的病理学院在2002年转成了国家卫生实验室服务---这一改变使比托大学丧失了的一个年产值超过6千万兰特的事业。 全国唯一的兽医学院有独特的费用结构，特别是有关动物医院的费用，因此这个学院不得不由其他收入来源交叉资助。 总开支的一半用于工资支出。随着学生数量的增加，在扩大学校的接纳能力上的投资成为首选，很大的投资是在设施和建筑，新的图书馆藏书和杂志（包括电子出版物）以及IT设备和计算机实验室上。

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